戦後、国民所得の増大による畜産物需要の拡大に支えられて、わが国農業の基幹部門となった畜産は、昭和４０年代に入ってから、農村の都市化、混住化の進展並びに家畜飼養規模の拡大に伴い、全国的に発生した畜産経営に起因する環境汚染問題により、畜産経営の存続、さらにはその健全な発展が大きく阻害されるまでになりました。
このような事態に対処するため進められた国の各般の対策の一環として、上記環境汚染問題の早期解決を図るため、畜産農家等に対し畜産環境整備に必要な施設等を貸付けする事業を実施することになり、これを効率的かつ効果的に実施するための事業主体として、昭和５１年９月１６日、財団法人畜産環境整備リース協会が設立されました。
その後、畜産経営の安定的発展、食肉流通の合理化や酪農・乳業の安定的発展に資するため、次のように事業を展開してきています。
昭和５７年度からは、食肉販売の合理化に必要な施設等の貸付事業を実施しています。
平成５年度からは、畜産経営の環境整備に関する調査、技術開発情報の収集・普及等の事業を実施しています。
平成８年７月１日に、財団法人畜産環境整備機構と名称を変更するとともに、家畜ふん尿処理技術の開発・普及を行うため、畜産環境技術研究所を設置しました。
平成９年度からは、畜産経営の安定的発展を図る上で緊急性の高い課題に集中的に応えるための補助付き貸付事業を実施しています。
平成１６年４月１日に、社団法人牛乳輸送施設リース協会を統合し、牛乳輸送等の効率化に必要な施設等の貸付事業を実施しています。
平成２６年４月１日に、一般財団法人畜産環境整備機構へ移行しました。
